Долина Кокчи была заселена благодаря воде и положению на дорогах через центральный Гиндукуш. Старое поселение Кхамчан, находившееся западнее современного города, сохраняет следы эпох от Сасанидов до Тимуридов и напоминает, что городская история началась до нынешнего названия. В XVII веке Мир Яри Бег перенёс столицу местной власти выше по реке, а после строительства святилища в конце XVII века поселение стало называться Файзабадом. В XIX веке Бадахшан переживал борьбу местных правителей и соседних сил; город был разрушен в 1829 году, а затем восстановлен в 1860-е годы при включении региона в афганскую систему. Торговля оставалась главным экономическим основанием: базар обслуживал всю провинцию, хотя высокие транспортные издержки ограничивали ассортимент. В XX веке появились административные учреждения, небольшая энергетика, больница и аэродром, но дороги по-прежнему делали город труднодоступным. Файзабад также служил отправной базой для экспедиций к горам и месторождениям лазурита. Войны последних десятилетий меняли инфраструктуру и безопасность, не отменяя роли областной столицы. Сегодня город стоит рассматривать как сочетание речной террасы, рынка, религиозной памяти и ворот в Бадахшан, а не как полностью сохранённый средневековый центр.