Современный Сан-Сальвадор-де-Жужуй был окончательно основан Франсиско де Арганьярас-и-Мургуией в 1593 году после двух неудачных попыток создать испанское поселение в долине. Место выбрали на пересечении путей между Верхним Перу, Тукуманом и Чако, а городская сетка сформировалась между реками Рио-Гранде и Шиби-Шиби. Колониальная жизнь строилась на неравном взаимодействии испанской администрации, церковных институтов и коренных сообществ региона. Во время войны за независимость город стал свидетелем Эксодо Хухеньо 1812 года, когда население покинуло территорию по призыву Мануэля Бельграно перед наступлением роялистов. В 1834 году Жужуй стал самостоятельной провинцией, а столица укрепила административную роль. Позднее железная дорога, торговля с Боливией и развитие образования расширили город за прежние кварталы. В двадцатом и двадцать первом веках он рос как провинциальный центр, сохраняя центральный ансамбль и связывая долинные районы с горными маршрутами. Расширение на склоны и через речные коридоры меняло повседневную географию, но площадь Бельграно продолжала оставаться символическим ядром столицы. Современные культурные программы связывают этот центр с ремесленными, университетскими и районными инициативами, заметными в ежедневной городской жизни сегодня.