Клостернойбург возник в зоне древних речных дорог Дуная, связывавших Венскую котловину с северными территориями. В 1114 году маркграф Леопольд III основал здесь монастырь августинских каноников, а в XII веке комплекс стал религиозным и политическим центром Бабенбергов. Обитель получила земли, виноградники и хозяйственные права, которые поддерживали её влияние на Дунайской террасе. В Средние века вокруг монастыря развивался рынок и поселение ремесленников, а речная торговля усиливала связи с Веной и соседними городами. В XVII-XVIII веках аббатство перестраивали в грандиозном барочном стиле, хотя замысел полного дворцового комплекса остался незавершённым. Верденский алтарь и библиотечные собрания сделали монастырь важным хранилищем искусства и письменной культуры. В XIX веке Клостернойбург оказался теснее связан с Веной благодаря дорогам и железнодорожному сообщению, сохраняя винодельческий уклад. XX век принёс политические потрясения, войны и изменения в монастырской жизни, но комплекс продолжил работать как духовное и культурное учреждение. Сегодня город существует одновременно как жилой пригород, винодельческий район и место паломнического и музейного интереса.