История Зекирхена глубже современного статуса города. Муниципалитет связывает территорию с неолитическим заселением, затем кельтским и примерно пятисотлетним римским периодом. Около 696 года святой Руперт, направляясь к Juvavum, остановился в Walardorf и основал церковь святого Петра; её остатки археологи обнаружили в 1977 году под нынешней Stiftskirche. В 1424 году архиепископ Эберхард возвёл поселение в ранг рынка, а в 1679-м архиепископ Макс Гандольф основал коллегиальный монастырь. Это укрепило роль духовного центра в округе. После наполеоновской эпохи Франц I подтвердил рыночные права в 1820 году. В 1849-м Seekirchen-Markt и Seekirchen-Land разделили, а в 1974-м вновь объединили. Последним этапом стало получение городского статуса 24 сентября 2000 года. Эта последовательность объясняет, почему у озёрного города есть церковное и административное ядро, не сводимое к пляжной инфраструктуре.