Хойники известны с XVI века как поселение Киевского воеводства Великого княжества Литовского и Речи Посполитой. Владельцами были разные шляхетские роды, включая Прозоров; усадебный комплекс формировался с конца XVIII века. После разделов территория вошла в Российскую империю. В XIX столетии местечко развивало ремёсла, торговлю и сельское хозяйство, а еврейская община составляла значительную часть населения. Железная дорога и районный статус усилили хозяйственную роль в XX веке. Нацистская оккупация принесла гетто, массовое уничтожение евреев, репрессии и военные потери; район действовал в партизанском движении. После войны Хойники восстановили, город рос вокруг переработки сельхозпродукции и районных служб. Авария на Чернобыльской АЭС 26 апреля 1986 года радикально изменила жизнь: часть населённых пунктов отселили, жители потеряли дома, ликвидаторы работали в опасных условиях, экономика и демография пережили тяжёлый удар. Музейные программы и мемориалы сегодня документируют этот опыт. Полесский радиационно-экологический заповедник выполняет научные и охранные задачи, а не служит обычным парком развлечений.