До португальской колонизации побережье Пернамбуку населяли народы тупи, включая потигуара и каэтес. Европейское освоение началось с сахарных плантаций и обороны прибрежных путей, а поселения нынешнего Жабоатана формировались вокруг энженьо и дорог к Ресифи. В 1593 году упоминается раннее поселение Жабоатан, а в XVII веке его положение стало особенно важным из-за голландского вторжения в Пернамбуку. В 1648-1649 годах на холмах Гуарарапиш произошли сражения, которые в бразильской историографии связывают с восстановлением португальского контроля над регионом. Церковь Носса-Сеньора-дус-Празерес на холме стала памятником этой военной истории и центром религиозного ландшафта. После изгнания голландцев сахарное хозяйство, речные переправы и торговля продолжили связывать внутренние районы с портом Ресифи. В XIX веке деревни и сахарные владения постепенно включались в более плотную административную сеть, а дороги усилили связь побережья с городом. Муниципалитет Жабоатан был оформлен в 1873 году и позднее получил нынешнее название Жабоатан-дус-Гуарарапиш. В XX веке рост Ресифи и строительство дорог ускорили урбанизацию равнинной части, тогда как старый Жабоатан сохранил историческую роль. После 1950-х годов прибрежные кварталы Пьедаде, Кандеяш и Барра-ди-Жангда быстро застраивались жильём, гостиницами и коммерческими объектами. Эта экспансия принесла инфраструктуру, но усилила давление на мангры, пляжи и холмы. В конце XX и начале XXI века муниципальные проекты стали сочетать охрану исторических мест, благоустройство набережных и контроль природных зон. Сегодня Жабоатан - самостоятельный крупный город в агломерации Ресифи, где военная память, сахарная история, пляжная экономика и плотная городская жизнь существуют рядом.