До португальской колонизации побережье нынешнего Сержипи населяли коренные народы, включая тупинамба и сержипи. В колониальный период главным центром региона был Сан-Кристован, основанный в 1590 году дальше от моря. В XIX веке власти решили перенести столицу к судоходному руслу, чтобы оживить торговлю и связать провинциальную администрацию с портом. Аракажу основали 17 марта 1855 года на заболоченной прибрежной равнине, а прямоугольная планировка стала отличительной чертой нового города. Первые кварталы росли вокруг площади Фаусту Кардозу и русла реки Сержипи, одновременно сталкиваясь с наводнениями, жарой и нехваткой дорог. В конце XIX и начале XX века появились рынки, церкви, школы и портовые склады. Экономика зависела от сахарной зоны, хлопка, торговли и речного сообщения, а железная дорога постепенно связала столицу с внутренними районами. В XX веке город расширился на юг к Аталае и вдоль проспектов, которые позже стали туристической набережной. После Второй мировой войны рост населения ускорился, а новые мосты через эстуарий связали Аракажу с южным побережьем. В конце XX века городская администрация инвестировала в благоустройство Аталаи, музеи и общественные рынки. Современная столица сочетает функции управления, университета, портовой торговли и туризма, сохраняя память о плановом основании в названиях площадей и центральной сетке улиц.