Местная традиция связывает основание Ньянголоко с народом гуэн, пришедшим из района нынешней Ганы в XVIII веке. Устный рассказ также говорит о охотнике Сирима Мамбья и его жене Ньянгол, чьё имя стало частью топонима. До современного города существовали более ранние поселения в южной части коммуны, а колониальная администрация управляла территорией через Субаканьедугу. 29 мая 1967 года Ньянголоко стал административным постом, 27 апреля 1979 года - субпрефектурой, а в 1984 году получил статус департамента. Коммуна была создана в 1987 году и вошла в систему децентрализации в 1993-м. В современной истории город развивался как дорожный и сельскохозяйственный узел, одновременно сохраняя церемониальные места гуэн и традицию ежегодной Ночи Santa. Лесные ресурсы, водоёмы и приграничная торговля продолжают влиять на его ритм и местную память сегодня.