Восточные холмы нынешнего Чанкузо веками входили в культурное пространство королевства Бурунди, объединённого монархией и общей языковой традицией кирунди. Удалённость от западного берега не означала изоляции: через Kumoso проходили связи с территориями современной Танзании. В конце XIX века германское продвижение включило королевство в Германскую Восточную Африку. В 1897-1898 годах католические миссионеры пришли через Misugi и закрепились в Muyaga, где возникли приход, школа и медицинская помощь. После Первой мировой войны управление перешло к Бельгии в составе Руанды-Урунди. Бурунди получило независимость в 1962 году, а последующие политические кризисы и войны затронули всю страну, хотя местная память часто подчёркивает значение Buhumuza как места убежища и спокойствия. Cankuzo долго было центром одноимённой провинции. Культурный центр CLAC развивал чтение и общественные программы, а Ruvubu укреплял природоохранную роль востока. В 2025 году национальная реформа сократила число провинций: прежние Cankuzo, Ruyigi и Muyinga объединились в Buhumuza, центром которой стал Чанкузо. Новый статус усилил административную нагрузку и снова связал город с обновлением дорог, общественных учреждений и регионального рынка.