До стремительного роста XX века на месте современного Пхунчхолинга существовал небольшой приграничный посёлок у дорог, связывавших долины Бутана с индийскими равнинами. В 1950-х годах здесь были разбросанные хижины и торговые посты, но открытие новых дорог и расширение обмена с Индией быстро изменили масштаб поселения. Город получил роль главного сухопутного входа в королевство и стал местом постоянного контакта бутанских, индийских и непальских общин. В 1967 году над городом основали Кхарбандхи Гоенпа, который закрепил религиозное присутствие на важном транспортном направлении. В 1983 году Пхунчхолинг оформился как городская корпорация, а после реформ местного управления получил выборного тхромпона. Рост торговли, складов, банков и транспорта сделал его коммерческой столицей Бутана, хотя административно он остаётся частью дзонгхага Чукха. Пограничная экономика привлекает ежедневный поток людей, поэтому городская среда здесь заметно плотнее и многоязычнее, чем в большинстве бутанских долин. Одновременно власти развивают инфраструктуру, рынки и туристические сервисы, стараясь сохранить религиозные ориентиры и экологическую устойчивость предгорий. Сегодня история Пхунчхолинга читается в пограничных воротах, торговых улицах, храме Зангтопелри и дороге, которая связывает южную равнину с высокогорной частью королевства.