Восточные долины нынешнего Пемагатшела веками соединяли сельские общины, монастырские центры и пути к Ассаму. Одним из ранних памятников считается Dungkar Gonpa, который местная традиция относит к XVI веку и связывает с Yab Mipham Tenpey Nyima, отцом Zhabdrung Ngawang Namgyel. В XVIII веке духовный мастер Khedrup Jigme Kuendel искал место, соответствующее наставлению линии Nyingma, и основал медитационную традицию Yongla. Монастырь, по официальному описанию, построили в 1736 году; вокруг него развивались обучение и Phurpai Drubchen. В 1970 году Dudjom Rinpoche посетил район, восстановил значение практики и закрепил название Pemagatshel - «Благословенная земля лотоса». Современная районная администрация долго размещалась в старом центре без полноценного дзонга, соответствующего традиционной архитектуре. Землетрясение 2009 года тяжело повредило Yongla Gonpa, после чего началось восстановление. Новый Druk Migyur Dechen Dzong построили в Denchhi как административный и культурный комплекс. 16 марта 2023 года службы официально переехали туда, сформировав новое ядро примерно в 19 километрах от старого города. Сегодня дзонгхаг развивает экотуризм и Lotus Valley Trek, стараясь распределить туристические доходы по удалённым общинам.