Самдруп Джонгкхар вырос на направлении, связывавшем восточный Бутан с равнинами Ассама. Его положение сделало поселение местом обмена товарами и входом в горные районы ещё до современной дорожной сети. В колониальную эпоху трансграничная торговля зависела от политической обстановки вокруг Бутана и Британской Индии. После развития современного государства город закрепился как административный центр дзонгхага и узел для восточных районов. Дорожные связи, электричество и телекоммуникации усилили его экономическую роль, о чём говорит местная администрация. В последние десятилетия городской облик дополнил новый дзонг, подчёркивающий бутанскую архитектурную идентичность на равнинной границе. Историю Самдруп Джонгкхара лучше понимать через торговлю, дорогу и взаимосвязь с восточными долинами, а не через коллекцию старинных кварталов.