Район Бонгора давно был связан с земледелием и торговлей по Логону, а местное население включает народ масса. Современная история города началась в 1904 году, когда германская администрация создала военный пост на фоне колониального соперничества в Камеруне. После германо-французского соглашения 1911 года граница и управление изменились, а позднее территория окончательно вошла в Чад. В колониальный период Бонгор развивался как административная и сельскохозяйственная опора, особенно для хлопка и риса. Лицей Жака-Мудеина, открытый в 1942 году, сделал город важным образовательным центром Французской Экваториальной Африки. После независимости 1960 года торговые связи с Камеруном сохранились, хотя транспорт и услуги переживали периоды нестабильности. Сегодня планировка напоминает о колониальном управлении, а рынок и речная переправа лучше всего показывают современную роль города. Важны также связи с камерунским Ягуа, которые продолжают влиять на торговлю и речную жизнь.