Место Оломоуца заселяли с каменного века; римский лагерь конца II века показывает значение моравского перекрёстка. В раннем Средневековье здесь возник княжеский центр, а в XI веке восстановили епископство. В 1306 году в городе убили короля Вацлава III, последнего Пржемысловича. Университет, основанный в 1573 году иезуитами, укрепил интеллектуальную роль Моравии. Шведская оккупация во время Тридцатилетней войны 1642-1650 годов разорила город, после чего епископы отстроили барочные дворцы и фонтаны. В XVIII веке Оломоуц превратился в крепость Габсбургов и выдержал осаду прусской армии в 1758 году. Железная дорога пришла в 1841 году, а в 1919 году к городу присоединили соседние поселения. Университет восстановили после Второй мировой войны, а после 1989 года исторический центр активно реставрировали. В 2000 году колонна Святой Троицы стала объектом ЮНЕСКО, закрепив международный статус Оломоуца.