Поселение возникло у лабских бродов; ранняя письменная традиция связана с Хрознатой из Подебрад, упомянутым в 1223 году. После прекращения его рода владение в 1262 году перешло к королю Пршемыслу Отакару II, который построил здесь каменный готический замок. Рядом развивалось подградье, из которого выросла нынешняя площадь. В XIV-XV веках замок принадлежал роду Кунштатов; здесь родился Йиржи из Подебрад, позднее чешский король. В последующие века крепость перестраивали, и средневековая военная функция уступила резиденциальной. Поворотным стал 1905 год, когда при бурении обнаружили минеральную воду. Муниципалитет купил курортное хозяйство в 1910 году, а в 1911-м была завершена летняя колоннада. В межвоенное время Подебрады быстро приобрели лечебную специализацию, особенно связанную с сердечно-сосудистыми заболеваниями. Сегодня курортный парк связывает этот современный слой с замком и историческим ядром.