Король Пршемысл Отакар II основал Ческе-Будеёвице в 1265 году у слияния Влтавы и Мальше. Квадратная площадь и регулярная сеть улиц сразу задали городу роль королевского опорного пункта. В Средние века торговля, ремесла и добыча серебра в окрестностях поддерживали достаток, а городские стены защищали склады и рынки. Во время гуситских войн укреплённое поселение сохранило связь с короной. В XVII веке войны и пожары привели к перестройкам, после которых в центре стало больше барочных фасадов и церковных учреждений. В 1832 году отсюда отправился первый вагон конно-железной дороги до Линца; событие стало важной страницей европейской истории транспорта. XIX век принёс железнодорожные линии, машиностроение, производство карандашей и развитие пивоварения. В XX столетии выросли университет, театр, музеи и новые кварталы. После 1989 года исторические дома и набережные получили новые туристические функции. Сегодня город соединяет королевскую планировку, промышленную память, студенческую среду и природные маршруты Южной Чехии.