До европейской колонизации побережье вокруг нынешнего Пуэрто-Монта населяли группы кунко, уильиче, пуэльче, поя и чоно, использовавшие морские ресурсы, лес и речные пути. Археологическая стоянка Монте-Верде, расположенная к юго-западу от города, свидетельствует о присутствии людей в регионе около 14 600 лет назад. В 1852 году сюда прибыли немецкие переселенцы, а 12 февраля 1853 года Висенте Перес Росалес основал город как портовую опору колонизации южных земель. В 1861 году Пуэрто-Монт стал столицей провинции Льянкиуэ, а железнодорожное сообщение в 1912 году укрепило связь с внутренними районами. Портовая инфраструктура развивалась и в первой половине XX века, включая новый порт в 1934 году. Землетрясение 22 мая 1960 года вызвало цунами и тяжёлые разрушения, после чего город перестраивали с учётом новой береговой и дорожной конфигурации. В 1979 году Пуэрто-Монт стал столицей региона Лос-Лагос. С середины 1980-х рост лососевой отрасли изменил рынок труда и экономику побережья. Сегодня в городе одновременно читаются коренные традиции, немецкая колонизация, портовая торговля, железная дорога и современная роль транспортного узла.