Вальдивия была основана Педро де Вальдивией в 1552 году на территории, где уже существовали пути и поселения народа мапуче. После восстания 1599 года испанский город был разрушен, а контроль над южным побережьем ослаб. В XVII веке Корона начала строить систему крепостей у устья реки, чтобы закрыть доступ к внутренним районам и защитить морской путь. В 1643 году краткое присутствие голландской экспедиции усилило тревогу испанских властей и ускорило укрепление бухты. В XIX веке после независимости сюда приехали немецкие переселенцы; они развили торговлю, промышленность, образование и пивоварение, а железная дорога в 1899 году связала Вальдивию с материковой сетью. Университет Austral de Chile, основанный в 1954 году, добавил городу научную и студенческую энергию. 22 мая 1960 года Великое чилийское землетрясение и последующее цунами разрушили значительную часть городской ткани и изменили русло, берега и инфраструктуру. Долгое восстановление сформировало современные набережные, мосты и общественные здания. В 1974 году Вальдивия вошла в регион Лос-Лагос, но местное движение добилось создания отдельного региона Лос-Риос в 2007 году, столицей которого она стала. Сегодня город сочетает память о колониальных фортах, немецких семьях, катастрофе 1960 года и природной системе рек, болот и лесов.