Территория нынешнего Айсена имеет глубокую историю коренных народов, включая теуэльче; музей Койайке представляет это наследие наряду с географией края и рассказом о поселенцах начала XX века. Город развивался как центр освоения внутренних долин и связи между удалёнными хозяйствами. Комплекс Sociedad Industrial de Aysén, где сегодня работает музей, напоминает о роли скотоводства, труда и промышленной организации региона. Освоение Патагонии сопровождалось не только созданием ферм и дорог, но и глубоким преобразованием земель и привычных маршрутов, поэтому поселенческую историю нельзя отделять от предшествующего присутствия коренных народов. Со временем Койайке стал административной столицей и транспортной опорой для всей области. Современная идентичность города не отменяет более ранние коренные истории: их следует рассматривать через музейные материалы, а не через декоративные обобщения. Сегодня город соединяет службы, образование, культуру и туризм в особенно удалённой части Чили.