Долина Копьяпо была населена коренными группами и входила в сети обмена между оазисом, побережьем и пустынными проходами задолго до испанцев. Испанское поселение Сан-Франсиско-де-ла-Сельва-де-Копьяпо окончательно оформилось в 1744 году, хотя название и ранняя история имеют более глубокие местные корни. В 1832 году пастух Хуан Годой обнаружил серебро в Чаньярсильо, после чего население, капиталы и товары хлынули в долину. Горный бум вызвал строительство общественных зданий, особняков, дорог и железной дороги Копьяпо-Кальдера, открытой в 1851 году как первой железнодорожной линии страны. Серебро, медь и торговля сделали город одним из самых богатых и современных на севере Чили. Война на Тихом океане изменила региональные связи, но добыча и переработка металлов продолжили определять экономику. XX век принёс новые рудники, миграцию, автомобили и постепенное расширение долины, а музеи сохранили память о доиспанских жителях, шахтёрах и железнодорожниках. В 2010 году вся страна следила за спасением 33 горняков из шахты Сан-Хосе недалеко от Копьяпо; событие стало частью международного образа города. В марте 2015 года сильный сель разрушил дороги, мосты и жилые районы долины, после чего восстановление стало важной частью городской политики. Сегодня Копьяпо остаётся столицей региона, где оазисное сельское хозяйство, горная промышленность, солнечная энергетика и пустынный туризм сосуществуют на ограниченном пространстве.