Долина Аконкагуа была заселена задолго до испанцев; земледельческие общины использовали реку, орошаемые террасы и пути между побережьем и внутренними долинами. В колониальный период здесь существовали религиозные учреждения и рассеянные поселения, а политика испанской короны стремилась собрать население в упорядоченных виллах. Акт основания Кильоты подписали в Сантьяго 19 августа 1717 года от имени губернатора Хосе де Сантьяго Кончи, а создание Вилья-де-Сан-Мартин-де-ла-Конча было оформлено в ноябре того же года. Площадь, приходская церковь, кабильдо и тюрьма стали ядром регулярной планировки. Город занял важное место между Сантьяго и портом Вальпараисо, обслуживая торговлю и управление долиной. Колониальный дом построили в 1772 году; позднее в нём размещались влиятельные семьи, библиотека и музей, а в 1976 году дом получил статус национального памятника. XIX век принёс рост сельского хозяйства, торговли и транспортных связей, а независимость Чили изменила административную роль старой виллы. Землетрясение 1985 года повредило Колониальный дом и другие здания, после чего начались восстановительные работы. В XX и XXI веках Кильота стала сочетать провинциальные службы, сельское хозяйство, музейное дело и проекты общественных парков. Современные маршруты включают холм Маяка, Боко и парк Аконкагуа, показывая город не только как историческую площадь, но и как живую долину.