Долина Марга-Марга была заселена задолго до современной городской застройки, а её название связано с языковыми и культурными слоями центрального Чили. Испанские дороги использовали долину как внутреннюю связь между побережьем и Сантьяго, а земледелие и добыча полезных ископаемых поддерживали небольшие поселения. В XIX веке железная дорога и рост Вальпараисо ускорили развитие Кильпуэ как промежуточного города и места отдыха в более сухом климате. Первый муниципалитет появился 14 октября 1893 года, а статус города Кильпуэ получил 25 апреля 1898 года. В XX веке вокруг железнодорожного коридора выросли районы El Belloto, промышленные предприятия, школы и торговые улицы. Землетрясения 1906 и 2010 годов повлияли на здания региона и заставили обновлять инфраструктуру, не стирая память о старых кварталах. Театр, церковь и культурный центр сохранили гражданскую жизнь, а парки стали важным ответом на плотную застройку и летнюю жару. Муниципальные природные проекты постепенно переводят бывший зоопарк и лесные участки в более экологичный формат. Сегодня Кильпуэ живёт в ритме агломерации, но сохраняет самостоятельную долинную идентичность и доступ к сельским ландшафтам.