Район Бонао был заселён ещё в доколониальный период, но постоянное поселение развивалось постепенно из-за удалённости от побережья. В колониальную эпоху здесь существовала небольшая сельскохозяйственная община, а затем город стал важнее как внутренний пункт дорог и производства. В 1859 году Бонао получил статус кантонального округа, а в 1865-м был включён в провинцию Ла-Вега как муниципалитет. В 1982 году после создания провинции Монсеньор-Ноуэль он стал её административным центром. В XX веке экономику поддерживали рис, какао, кофе и никелевая промышленность, а культурную репутацию укрепили La Voz del Yuna и школа Кандидо Бидо. Муниципальные праздники Сан-Антонио и карнавал сохранили связь городской истории с общинной жизнью и ремесленными традициями. Новые дороги сделали Бонао доступнее для поездок из столицы, но природные места всё ещё требуют локального транспорта и осторожности.