Котуи возник как колониальный горнодобывающий центр, известный под именем La Mejorada de Cotuí, а затем стал важным городом долины Юна. После землетрясения XVI века поселение переместилось на нынешнее место, что объясняет разрыв между ранней историей и современной городской планировкой. Горное дело привело сюда разные общины и повлияло на культуру, включая карнавальные персонажи и праздник Espíritu Santo. В XX веке провинциальная администрация, торговля и дороги закрепили роль Котуи как центра Санчес-Рамирес. Плотина Хатильо, завершённая в 1984 году, добавила к образу города крупный искусственный водоём и рыболовный ландшафт, но находится вне центра.