Сан-Хуан-де-ла-Магуана основан в начале XVI века в области, которую связывают с тайноским касикасго Магуана. После землетрясений и перемещений поселение развивалось как сельскохозяйственный центр внутренней части острова. В XIX веке долина стала ареной войн за независимость и последующей Реставрации; битва Сантоме 1855 года вошла в национальную память. В XX веке дороги, ирригация и торговля зерном укрепили роль города как столицы провинции Сан-Хуан. Политическая история сохранилась не только в памятниках, но и в названиях парков и площадей. Современный город сочетает кафедральный приход, муниципальные учреждения, рынки и жилые кварталы, а горные территории остаются сельскими и природными. Поэтому прогулка здесь лучше строится от конкретных мест памяти к повседневной жизни долины, без попытки выдать весь регион за музейный центр. Память о городе сохраняется в современных праздниках и музейных программах.