История современного Гондэра связана с решением императора Фасилидеса в 1636 году сделать поселение постоянной столицей. До этого эфиопские дворы часто перемещались между лагерями, а новый город получил каменную архитектуру, водные сооружения и церковные комплексы. В Фасил-Гебби последовательно строили дворцы Фасилидеса, Иясу I и других правителей; рядом развивались религиозные школы и ремесленные кварталы. При императорах XVIII века столичная жизнь продолжалась, хотя власть и территории менялись. В середине XIX века император Тэводрос II перенёс политический центр из Гондэра, и город утратил столичный статус. Колониальные войны и последующие конфликты повредили отдельные здания, но ансамбль сохранился достаточно, чтобы ЮНЕСКО внесла его в список всемирного наследия в 1979 году. Университет Гондэра возник из колледжа общественного здравоохранения 1954 года и стал частью современного образовательного профиля города. Сегодня исторический ландшафт сосуществует с рынками, транспортом и жилой застройкой.