Файюмская впадина была освоена благодаря каналам и связи с Нилом ещё в древности; в античную эпоху область называли оазисом и связывали с культом Собека. Греко-римский Крокодилополь находился рядом с современным городом, а плодородные земли поддерживали поселения и ремёсла. В средние века сеть каналов продолжала определять жизнь региона. Нории, известные как сакии, стали узнаваемым символом местного земледелия и до сих пор напоминают о работе с водой. В новое время Аль-Фаюм развивался как провинциальный центр, окружённый деревнями, садами и полями. Туристическая известность усилилась благодаря озеру Карун, пустынным водопадам и находкам Вади-эль-Хитана. Историю города полезно рассматривать отдельно от поездки в заповедники: древние памятники разбросаны по всей впадине, а не собраны в одном музейном квартале.