До испанского периода в долине жили общества Вальдивия, Чоррера, Техар-Дауле и Милагро-Кеведо, а позднее - чоно. В колониальную эпоху поселение служило складским и переправочным пунктом между Гуаякилем и горными районами; название Bodegas отражало эту функцию. Бабаойо упоминается как административная единица tenencia с 1542 года, а независимость провозгласил 11 октября 1820 года. В 1860 году после создания провинции Лос-Риос город стал её временной столицей, а 30 сентября 1948 года - постоянной. Река определяла торговлю, пожарные риски и перемещение жителей, поэтому мосты и малекон всегда были частью городской истории. Casa Olmedo в La Virginia напоминает о политических событиях республиканского периода и литературном наследии José Joaquín de Olmedo. Историческая роль Бабахойо заметна в мостах, названиях улиц и связи между берегами, а не только в музейных датах. Речные мосты остаются практическим продолжением этого наследия.