Историю Чоне муниципалитет начинает с доколумбовых культур долины реки: Valdivia, Machalilla, Chorrera, Bahía, Guangala, Jama-Coaque и, возможно, Manta-Huancavilca. Описание подчёркивает, что люди осваивали и возвышенности, и сезонно затапливаемую равнину, занимаясь рыболовством, охотой, посевами, а в горных районах оставляя петроглифы и следы террас. Эта связь с водой и сельским хозяйством помогает объяснить современную гастрономическую и животноводческую роль кантона, но не доказывает происхождение каждого нынешнего квартала. В 1735 году, согласно муниципальной хронологии, священник José Cedeño y Macías основал испанское поселение Сан-Каэтано-де-Чоне как церковный приход. После независимости территория входила в административные перестройки Манаби: сначала связывалась с Монтекристи, затем Портовьехо и Рокафуэрте. Муниципальная хронология также помещает Чоне в контекст провинции Манаби, созданной после независимости в 1824 году. Городская память сохраняет старое название San Cayetano наряду с современным Чоне. Сегодня прошлое города лучше видно через речную долину, аграрную культуру и местную идентичность, чем через приписывание каждому современному объекту колониального происхождения.