Муниципальная история связывает территорию Хипихапы с несколькими доколумбовыми культурами побережья Эквадора: Valdivia, Machalilla, Chorrera, Bahía, Jama-Coaque, Manteño и Huancavilca. В ряде мест кантона находили керамику, петроглифы и древние колодцы, что показывает длительное освоение сухих и холмистых районов, но не позволяет автоматически датировать современные городские здания. По муниципальному изложению, в 1565 году девять групп коренного населения собрались в Lanchán, а новая община Сан-Лоренсо-де-Хипихапа сложилась в колониальную эпоху. После административных изменений 1824 года Хипихапа вошла в состав провинции Манаби. В муниципальном плане также упоминается общинная юрисдикция, приобретённая и закреплённая в 1806 году, и последующее изменение состава приходов в середине XX века. Эти процессы показывают, как менялись границы кантона, а не как исчезала городская идентичность. В XIX и XX веках город укрепился как кофейский торговый и сельскохозяйственный центр, получив прозвище Sultana del Café. Позднее колебания кофейского рынка заставили хозяйство диверсифицироваться. Сегодня городская идентичность держится на этом аграрном прошлом, кухне и сохранении архитектурного и нематериального наследия, а не на одном-единственном памятнике.