До колониального периода Биоко населяли буби, чья культура и языки остаются важной частью островной идентичности. Британская военно-морская станция Порт-Кларенс предшествовала испанскому городу Санта-Исабель. После независимости Экваториальной Гвинеи в 1968 году город оставался столицей страны. Современное название Малабо сменило колониальное Санта-Исабель. Колониальный центр сформировали собор, правительственные здания, торговые улицы и порт, а нефтяной период конца XX века добавил новые кварталы и деловую инфраструктуру. Сегодня старые фасады соседствуют с аэропортом, конференционным районом Sipopo и дорогами к природным объектам Биоко. История города особенно заметна в смене названий, архитектуре и многоязычной среде. Смена Port Clarence, Santa Isabel и Malabo отражает колониальный период, независимость и современную национальную политику. Это наследие видно на площадях города. 2 января 2026 года политическую и административную столицу перенесли в Сьюдад-де-ла-Пас; Малабо сохранил свою историческую и культурную роль.