По рассказу городской администрации, местность Антиполо была заселена до испанских миссий: здесь жили разные местные общины, в том числе думгаты и тагалы. Название города связывают с деревьями типоло, росшими на холмах. Францисканская миссионерская деятельность отмечена в документах с 1578 года; затем здесь работали и другие католические ордены. В XVII веке паломничество усилилось после размещения в Антиполо почитаемого образа Богородицы Мира и Доброго Путешествия, прибывшего в страну в 1626 году. На месте нынешнего собора иезуиты построили каменный храм в 1630-1633 годах, но он был разрушен в марте 1945 года, в конце Второй мировой войны. Поэтому нынешний собор следует понимать как продолжение традиции, а не как сохранившееся здание XVII века. Паломники и связанные с ними услуги постепенно преобразили бывший миссионерский город. В XX веке разрослись дороги и жилые районы на холмах восточнее Манилы. Статус города Антиполо получил в 1998 году. Парк Сумулонг хранит память о местном политике Хуане Сумулонге; муниципальное решение 2012 года изменило прежнее название парка Димасаланг. У водопада Хинулугонг-Тактак позднейшая история уже связана с природоохранной политикой и очисткой воды, а музей Pintô, основанный в 2010 году, представляет новое культурное измерение города.