В долине реки Марикина сначала развивались земледельческие поселения. Городской обзор сообщает о миссии иезуитов в Хесус-де-ла-Пенья в 1630 году; в 1687 году поселение Марикина стало приходом. В XIX веке крупная асьенда Марикина принадлежала семье Туасон. Перелом для местной экономики наступил в 1887 году: Лауреано Гевара, известный как Капитан Мой, вместе с помощниками начал изготовлять обувь, разобрав старую пару и изучив её конструкцию. К началу XX века город уже ассоциировался с сапожным ремеслом. В 1901 году Марикина вошла в провинцию Рисаль, а в 1975-м - в состав столичной агломерации. Промышленные предприятия 1950-х привлекли работников и ускорили рост населения. Городские власти связывают обновление общественной среды с программами с 1992 года. Закон о статусе города принят в 1996 году, торжественная инаугурация состоялась в марте 1997-го. Дом Капитана Моя и Музей обуви объясняют ремесленную линию истории; парк у реки показывает, как преобразование берегов стало частью современного городского развития.