Истоки Мунтинлупы связаны с поселениями рыбаков на берегу Лагуна-де-Бай. Муниципальный музей описывает путь от озёрной общины к испанскому городу и позднейшему столичному муниципалитету. В начале XX века Мунтинлупа получила самостоятельное административное положение; городские материалы фиксируют 1917 год как важный этап отделения от прежнего управления провинции Рисаль. На большой территории Побласьон в XX веке разместили New Bilibid Prison, что изменило землепользование и оставило особые правила доступа к некоторым историческим местам. Озеро Джамбори внутри тюремного резерва связано с лагерями скаутов и работой заключённых на окружающих участках; нынешний статус территории не следует путать с общедоступным городским парком. Во время японской оккупации местные партизанские группы участвовали в освобождении района; мемориал Liwasan ng mga Bayani в Алабанге установлен в память об этих людях. С формированием метро Манилы в 1975 году муниципалитет вошёл в столичную агломерацию. После политических изменений 1986 года развивались дороги и новые районы Алабанга. Закон 7926, подписанный 1 марта 1995 года, создал высокоурбанизированный город Мунтинлупа. Современный городской музей, открытый публике в 2019 году, соединяет озёрную, тюремную и деловую главы этой истории без превращения действующих режимных объектов в туристическую прогулку.