История Генерал-Сантоса связана с берегом залива Сарангани и изменением административных границ южного Минданао. В феврале 1939 года сюда прибыла группа переселенцев под руководством генерала Паулино Сантоса в рамках государственной программы освоения земель. Муниципальная история подчёркивает, что уже существовавшие местные общины и новые переселенцы формировали многослойное население региона. В 1948 году был создан муниципалитет Буаян, включавший более широкую территорию, чем нынешний город. В 1954 году муниципалитет переименовали в Генерал-Сантос в память о руководителе переселенческой программы. Морской причал Макар и сельскохозяйственные производства стали важными для торговли. Закон 5412 от июля 1968 года оформил городской статус; городская администрация начала работу осенью того же года. В 1988 году Генерал-Сантос был признан высокоурбанизированным городом. Последующие проекты расширили аэропорт, рыбопромышленный комплекс и дорожную сеть. Экспорт жёлтопёрого тунца и других продуктов сделал порт заметным экономическим узлом региона SOCCSKSARGEN. Эта специализация объясняет городской символизм тунца, но промышленный порт остаётся рабочей территорией. События и памятники соседних провинций Сарангани и Южный Котабато не следует включать в историю городской черты без отдельного указания.