До испанской колонизации на острове Себу существовали местные торговые и политические общины; официальный рассказ городской администрации упоминает правителя Раджу Тупаса. В 1521 году сюда прибыла экспедиция Магеллана. Крест Магеллана сегодня служит городским памятным местом этой встречи, но само название не делает каждый окружающий объект постройкой XVI века. В 1565 году экспедиция Мигеля Лопеса де Легаспи начала испанское колониальное управление в Себу. Тогда же был заложен форт Сан-Педро; позднейшие перестройки, в том числе укрепление XVIII века, изменили его облик. Колониальный город рос вокруг религиозных учреждений, торговли и порта. В XX веке Себу получил отдельный городской устав: он был принят в октябре 1936 года, а новая городская администрация начала работу в феврале 1937-го. После Второй мировой войны город расширялся как экономический центр Висайских островов. Museo Sugbo в бывшей провинциальной тюрьме соединяет эти пласты истории через музейные коллекции; сама провинция и город при этом остаются разными административными единицами. Современный праздник Синулог напоминает о живой религиозной традиции, связанной с образом Санто-Ниньо.