Топоним Ээнекоски связан с порогом и историческим рыбным промыслом; окружающие земли долго принадлежали приходам Лаукаа и Саариярви. До индустриализации главный центр представлял собой небольшую деревню примерно из двадцати домов. В конце XIX века лес, вода и транспортное положение привлекли промышленность: лесопильные, целлюлозные и бумажные предприятия постепенно создали фабричное сообщество. Железная дорога достигла Суолахти в 1898 году, связав озёрный порт Кейтеле с Ювяскюля; станция, депо и водный путь сформировали важный транспортный узел. В 1904 году Сенат одобрил создание молитвенного прихода Ээнекоски, а в 1906-м была образована самостоятельная церковная община. Решением 1911 года муниципалитет стал независимым с 1 января 1912-го. Фабричная компания не только давала работу, но и строила жильё, социальные учреждения и административные здания; бывшая главная контора 1923 года сохранилась на Клубинмяки. В 1932 году Суолахти отделился как самостоятельный торговый посёлок, а Конгинкангас позднее вошёл в Ээнекоски в 1993 году. В 1973 году старые Ээнекоски и сельский муниципалитет объединились, сохранив городское название. Новая крупная муниципальная реформа состоялась в 2007 году: Ээнекоски, Суолахти и Сумиайнен образовали нынешний город. Лесная промышленность переживала технологические смены и укрупнение, а в XXI веке город подчёркивает биопродукты и циклическую экономику. В 2026 году идёт создание нового культурно-исторического музея, который должен открыть фабричные и муниципальные коллекции публике летом 2027 года.