Археологические находки показывают древнее заселение берега, а средневековое название Asnières обычно связывают с латинским asinaria и разведением ослов. Церковь с кладбищем упомянута в папской булле 1158 года. Долгое время поселение состояло из сельских владений и домов у Сены. В 1750 году маркиз Марк-Рене де Вуайе д’Аржансон поручил Жаку Ардуэн-Мансару де Сагонну перестроить усадьбу в изысканный замок с садом до реки. После продажи в 1769 году владение дробилось, парк застраивался, а часть декора была вывезена. Железная дорога из Парижа, мосты и речные развлечения XIX века превратили Аньер в популярное место воскресного отдыха. Одновременно появились мастерские и фабрики. Художники-импрессионисты и постимпрессионисты писали контраст лодок, мостов и промышленности; особенно продуктивным был сезон Ван Гога 1887 года. Быстрый рост потребовал новой ратуши, открытой в 1899 году. Тем же летом начало работу кладбище домашних животных, созданное после закона 1898 года о захоронении животных. В XX веке на набережной действовали крупные предприятия, включая завод Citroën и энергетическую инфраструктуру. Позднее промышленность сокращалась, берега и исторические здания переосмысливались. Город приобрёл замок в 1992 году и провёл долгую реставрацию, вернув публике часть парадных помещений.