Археологические находки показывают древнее заселение равнины, однако на протяжении многих столетий Бобиньи оставался небольшим сельским приходом, окружённым пашнями и огородами. Название связывают с позднеантичным или раннесредневековым владением Balbiniacum. Поселение группировалось возле église Saint-André и сеньориального дома, переживая войны и эпидемии вместе с северо-восточными окраинами Paris. В XIX веке canal de l’Ourcq, железная дорога Grande Ceinture и индустриализация агломерации изменили экономику: сельское хозяйство, включая овощеводство, постепенно уступало складам, мастерским и жилью. Население быстро росло, формировался рабочий город. Во время немецкой оккупации грузовая станция Bobigny-Ceinture стала частью системы депортации. С июля 1943 года она заменила Le Bourget-Drancy как главный пункт отправления интернированных из лагеря Дранси. До августа 1944 года 21 конвой увёз отсюда более 22 тысяч человек, главным образом в Auschwitz-Birkenau; последний состав отправился 17 августа 1944 года. После войны Бобиньи быстро урбанизировался и принимал новые волны жителей. Реформа 1964 года создала департамент Seine-Saint-Denis, а город выбрали его префектурой. В 1968-1970-е вокруг нового административного центра появились префектура, Hôtel de Ville, большие жилые ансамбли, университетские и медицинские учреждения. MC93 выросла из государственной идеи maisons de la culture; Bourse départementale du Travail по проекту Oscar Niemeyer стала архитектурным символом рабочего движения. Метро 5 и трамвай T1 усилили связь с агломерацией. В XXI веке бывшую станцию превратили в мемориальный объект, центр проходит масштабную реконструкцию, а канал и parc de la Bergère становятся опорой нового общественного пространства.