Участок у источников и солнечного склона был заселён не позднее раннего Средневековья; религиозное здание на месте Saint-Germain документируется с IX-X веков. Вокруг прихода сложилось село с виноградниками, садами и огородами, снабжавшими Париж. Основание нынешней колокольни относят к XIII веку, основную церковь - к XVI столетию. Долгое время Fontenay оставался сельским поселением у королевского Венсенского леса. В XIX веке транспорт и столичный рост изменили его характер: в 1840-х на восточной высоте построили Fort de Nogent, в 1858 году возвели mairie, а железная дорога привлекла дачников и постоянных жителей. Эктор Мало поселился здесь в 1864 году. С 1896 года фабрика Gaveau выпускала в городе рояли и пианино. В XX веке поля и сады уступали жилью, школам и предприятиям; во время оккупации местные жители участвовали в Сопротивлении. После войны население быстро росло. Освоение плато в 1960-1970-х создало большие ансамбли, офисные зоны и новую восточную полюсность, укреплённую станцией Val de Fontenay. При этом старый центр и кромка леса получили охранный статус Site patrimonial remarquable, а бывшие торговые и общественные здания обрели культурные функции.