Территория Исси была частью владений аббатства Saint-Germain-des-Prés уже в раннем Средневековье. В XVII веке близость к Парижу привлекла духовенство и знать: здесь сложились усадьбы, château des Princes de Conti и Séminaire Saint-Sulpice с садами и редким декоративным нимфеем. Во время Франко-прусской войны и Парижской коммуны стратегический Fort d’Issy, построенный в 1840-х годах, оказался центром тяжёлых боёв; артиллерия серьёзно повредила форт, château и окружающую застройку. В конце XIX века коммуна объединила старый Issy и промышленный сектор Les Moulineaux, закрепив двойное название. На бывшем военном поле начались авиационные опыты. 13 января 1908 года Анри Фарман на биплане братьев Вуазен выполнил официальный замкнутый полёт длиной один километр; позже площадка стала парижским вертодромом. Индустриализация принесла заводы, мастерские и рабочие кварталы. После Второй мировой город постепенно менял производственную основу на услуги, медиа и цифровую экономику. Musée Français de la Carte à Jouer, выросший из коллекции, подаренной в 1930 году, получил современное здание рядом с pavillon Conti в 1997 году. Tour aux figures, задуманная Дюбюффе в 1967-м, была построена в 1986-1988 годах и после реставрации снова открылась для экскурсий. Fort d’Issy в XXI веке преобразован в жилой квартал, где исторический маршрут напоминает о боях 1870-1871 годов.