Античное поселение Boutae развивалось на равнине севернее нынешнего старого города, но позднее центр сместился к защищённому месту у Thiou и замкового холма. В Средние века Annecy-le-Neuf рос под властью графов Женевских; Palais de l’Île служил укреплённым домом, административным зданием, судом, монетным двором и тюрьмой. Château, где графы жили с XIII века, в 1401 году перешёл Савойе, а в XVI столетии стал резиденцией Genevois-Nemours. После Реформации в Женеве Анси превратился в католический опорный пункт; епископская кафедра и деятельность François de Sales усилили сеть монастырей и церквей. Французские войска неоднократно занимали Савойю, но окончательное присоединение к Франции произошло по Туринскому договору и плебисциту 1860 года. Thiou веками приводил в движение мельницы и мастерские, позднее поддержал промышленность Cran. Железная дорога и альпийский туризм изменили город, берега стали общественными. В XX веке канализация и межкоммунальная очистка спасли озеро от загрязнения, став образцом экологической политики. В 1960 году возник международный фестиваль анимации. В 2017 году Annecy объединился с пятью соседними коммунами, резко расширив административные границы и население.