В галло-римскую эпоху на территории современного города существовали два поселения: ремесленный участок у Brou рядом с галло-римским храмом и укреплённая точка на месте позднейшего феодального замка у place des Lices. Средневековый Bourg развивался как торговое поселение на границе равнины Bresse и дорог к Jura. Он вошёл во владения сеньоров Bâgé, затем перешёл к Savoie и укреплялся как пограничный центр. В XV веке город переживал период благополучия при савойском дворе: строились фахверковые дома, религиозные и общественные здания. После внезапной смерти Philibert le Beau в 1504 году его вдова Marguerite d’Autriche решила исполнить старый обет семьи и создать в Brou великолепный мемориальный монастырь. Первый камень заложили в 1506 году, клуатры завершили к 1513-му, церковь строили под руководством мастеров из разных частей Европы и закончили в 1532 году. Marguerite, управлявшая Нидерландами из Malines, не увидела завершённый ансамбль при жизни, но была погребена рядом с Philibert и Marguerite de Bourbon. Борьба Франции и Savoie неоднократно меняла принадлежность города. Во второй половине XVI века герцог Emmanuel-Philibert возвёл мощную цитадель Saint-Maurice; после франко-савойской войны по Лионскому договору 1601 года Bresse окончательно вошла во Францию, а крепость вскоре разобрали. XVII-XVIII века оставили частные особняки, иезуитский коллеж и Hôtel-Dieu. Его аптеку перенесли в нынешние помещения в конце XVIII века; она работала до 1963 года. В XIX веке железная дорога, рынки и административные функции преобразили город, появились театр, зерновой рынок и новые кварталы. Brou после революционного изгнания монахов служил тюрьмой, казармой, приютом и семинарией; с 1922 года в нём размещается муниципальный музей. Современный Bourg-en-Bresse сохранил статус префектуры, развил промышленность и образование, одновременно превратив Brou и гастрономическое наследие Bresse в основу культурного туризма.