Йена выросла у переправы через Заале и получила городские права в XIII веке. В 1558 году здесь был основан университет, который сделал небольшой город одним из интеллектуальных центров германских земель. В XVII столетии город тяжело пережил Тридцатилетнюю войну, но университет сохранил роль притяжения для учёных. В конце XVIII века с Йеной были тесно связаны Гёте, Шиллер, Фихте и круг ранних романтиков; их работа превратила университет в заметную площадку немецкой философии и литературы. XIX век принёс промышленный подъём: Карл Цейсс открыл мастерскую точной механики и оптики, а Эрнст Аббе развил предприятие, исследовательскую базу и социальные институты. После Второй мировой войны город оказался в ГДР, сохранил научную специализацию, а после объединения Германии снова вырос как университетский и технологический центр с международными исследовательскими связями.