Поселение в долине Чолутеки развивалось на путях между Тихоокеанским побережьем, Тегусигальпой и Никарагуа. Испанская колонизация закрепила здесь административный и торговый центр; вокруг главной площади появились церковь, дома знати и учреждения. В XIX веке город оказался связан с формированием независимого Гондураса: с Чолутекой ассоциируется политический деятель Хосе Сесилио дель Валье, один из авторов центральноамериканского акта независимости. Позднее торговля и сельское хозяйство сделали его опорным городом южного департамента. Наводнения и землетрясения неоднократно меняли застройку, поэтому исторический центр сегодня состоит из отдельных сохранившихся домов, храмов и площадей, а не цельного колониального ансамбля. Современный город вырос вокруг этого ядра и транспортных артерий, сохранив региональную, приграничную функцию. Память о местных деятелях и церковной истории читается в названиях площадей, мемориальных домах и повседневной городской топонимике. Эти слои лучше всего замечать во время утренней прогулки по площади и соседним улицам.