Официальные статистические материалы Гондураса связывают происхождение поселения с основанием Сан-Буэнавентуры в XVII веке; позднее оно получило имя Данли. В конце XVIII века территория уже фигурировала в административных описаниях, а в 1820 году поселение получило статус муниципалитета. Статус города был присвоен в 1843 году. В дальнейшем Данли стал крупнейшим экономическим центром департамента Эль-Параисо, развиваясь за счёт торговли, сельского хозяйства и табачной отрасли. Современный муниципалитет включает многочисленные сельские поселения, поэтому его границы намного шире собственно городского центра. В двадцатом веке связь с табачными производствами укрепила экономическое значение города и привлекла работников из сельских районов. Эта специализация заметна и сегодня, но туристу важно уважать частный характер производственной жизни. Городская площадь, церковь и акведук сохраняют более ранний слой памяти рядом с современными торговыми и производственными улицами.