Комаягуа основана испанцами в 1537 году в плодородной долине и вскоре стала важным административным центром провинции Гондурас. В колониальный период здесь строились собор, монастыри, склады и дома чиновников; положение между Карибским побережьем и Тихим океаном поддерживало торговлю. После провозглашения независимости город некоторое время оставался столицей Гондураса, но в конце XIX века политический центр переместился в Тегусигальпу. Это изменение снизило административное давление на старое ядро и помогло сохранить его колониальный масштаб. В XX веке Комаягуа стала региональным культурным и туристическим центром: церкви реставрировали, в зданиях открыли музеи, а традиция пасхальных ковров превратилась в важное ежегодное событие. Современный город сочетает жилые кварталы и оживлённые дороги с площадью, где читаются несколько столетий истории. Сохранение храмов и гражданских зданий поддерживают местные культурные инициативы, а музейные экспозиции связывают колониальное прошлое с ленкаским наследием долины.