Муниципальные источники связывают раннее поселение с местом Тхоломак у реки Чолома, существовавшим до испанского завоевания. В колониальный период францисканцы реорганизовали население под именем Канделария, а позднее поселения региона страдали от нападений и перемещений. Положение на путях между внутренними районами и карибским берегом делало территорию важной, но одновременно уязвимой для конфликтов и наводнений. В 1894 году был создан муниципалитет Эль-Параисо, а в 1933-м ему официально вернули имя Чолома; городской статус закрепили в 1941 году. В конце XIX века железная дорога связала Чолому с Сан-Педро-Сулой и Пуэрто-Кортесом, усилив товарное значение долины. Банановые плантации, сахар и затем макиладорная промышленность последовательно меняли экономику долины и облик города. Вторая половина XX века принесла рост промышленных кварталов и приток населения, поэтому современная Чолома заметно отличается от прежнего сельского муниципалитета.