В 1524 году испанская экспедиция дала месту имя Пуэрто-Кабальос, и защищённая гавань быстро приобрела стратегическое значение. Раннее поселение страдало от нападений пиратов, поэтому его портовая роль долго менялась. Берег был полезен для судов, но постоянное население долго сталкивалось с уязвимостью открытой колониальной границы. Современный городской центр на полуострове получил название Пуэрто-Кортес в 1869 году, а муниципальная автономия была восстановлена в 1882-м. Железная дорога и экспорт бананов в первой половине XX века связали населённый пункт с производящими районами долины Сула. В последующие десятилетия росли дорожные связи, складские площади и обслуживающие порт предприятия. Создание Национальной портовой компании и свободной зоны закрепило современную логистическую функцию города. Сегодня порт остаётся основой городской идентичности, но муниципалитет развивает также пляжи, лагуну, культурные направления и местную гастрономию.