Территория Накаоме связана с общинами Cholula и Chaparrastique, которые, согласно муниципальной традиции, объединились у реки ещё до испанского поселения. Испанцы пришли в 1535 году, организовали первую муниципальную структуру и построили раннюю церковь. Разливы рек Chapulapa, нынешней Накаоме, и Guacirope заставили жителей переносить поселение на более защищённое место в XVI веке. Церковь Сан-Хосе стала важным религиозным центром, а нынешний храм связан с реконструкциями и освящением XIX века. В 1845 году Накаоме получил муниципальный статус, а после образования департамента Валье стал его административным центром. В 1847 году здесь состоялась Диета Накаоме, дипломатическая конференция о центральноамериканском объединении с участием соседних государств. В XX веке город продолжил расти как рынок сельскохозяйственной продукции и узел дорог южной зоны. Экономика муниципалитета опирается на зерно, бахчевые культуры, сахарный тростник, овощи, скот и птицеводство. Сегодня историческая память сосуществует с повседневной торговлей, патрональной ярмаркой и рисками низинных районов. Путешественнику важно видеть в Накаоме живой административный город, а не реконструкцию колониальной эпохи, и заранее учитывать сезонные паводки.